預(yù)測肌萎縮的生物標(biāo)志物、方法和用圖
【專利摘要】本發(fā)明處于生物標(biāo)志物領(lǐng)域中。特別是，本發(fā)明涉及預(yù)測肌萎縮的生物標(biāo)志物。本發(fā)明涉及這樣的生物標(biāo)志物用于選擇性地治療患有肌萎縮的患者的用途和預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的可能性的方法。
【專利說明】預(yù)測肌萎縮的生物標(biāo)志物、方法和用途
[0001] 本公開的背景
[0002] 人骨骼肌由肌纖維組成，依靠肌纖維的收縮速度和占優(yōu)勢的能量代謝類型來給肌 纖維分類?；谒鼈兊恼純?yōu)勢的肌球蛋白重鏈(M州C)同種型含量，可W把肌纖維分類為I型 (慢縮)和II型(快縮)纖維。一般地，I典型和Ila型纖維利用氧化憐酸化，而IIx和Hb型纖維 利用缺氧代謝來產(chǎn)生ATP。纖維類型的百分比和結(jié)構(gòu)形態(tài)將確定任何給出的肌肉的表現(xiàn)型 能力和功能性能。除了遺傳背景外，健康和疾病中的環(huán)境因素對于導(dǎo)致纖維類型/形態(tài)和因 此的功能性的改變具有直接的作用;此類過程包括衰老、鍛煉、糖尿病、廢用性萎縮、慢性屯、 力衰竭和肌萎縮。
[0003] 具有肌萎縮成分的病況的實(shí)例是廢用性萎縮、惡病質(zhì)、散發(fā)的包含體肌炎、腎衰 竭、艾滋病(獲得性免疫缺乏綜合征）、癌癥、屯、力衰竭和C0PD(慢性阻塞性肺病）。
[0004] 惡病質(zhì)一般地被認(rèn)為是由基礎(chǔ)疾病所引起的獲得性的加速的肌肉損失化vans WJ,Morley JE,Arigles J等人 Cachexia: a new definition. Cl ini cal Nutrition 2008； 27 :793-799)。當(dāng)在患有末期癌癥的患者中看到惡病質(zhì)時，該惡病質(zhì)被稱為"癌癥惡病質(zhì)"。 癌癥惡病質(zhì)影響大多數(shù)患有晚期癌癥的患者并且與治療耐受度的減小、對治療的應(yīng)答、生 活質(zhì)量和生存的持續(xù)時間有關(guān)。最近已經(jīng)把癌癥惡病質(zhì)確定為多因素綜合征，W進(jìn)行中骨 骼肌質(zhì)量損失為特征，有或者沒有脂肪質(zhì)量損失，其不能通過常規(guī)的營養(yǎng)支持被完全地逆 轉(zhuǎn)并且導(dǎo)致漸進(jìn)的功能性損傷。在癌癥惡病質(zhì)中，骨骼肌損失表現(xiàn)為最顯著事件。關(guān)于癌癥 惡病質(zhì)分類的國際共識提示:診斷標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)該不僅考慮到重量損失是所述的惡病質(zhì)過程的信 號事件，而且也應(yīng)該考慮所述的患者的初始儲備，要么呈低BMI，要么呈低肌肉發(fā)達(dá)水平。然 而后一個概念在臨床風(fēng)險(xiǎn)方面具有一些確認(rèn)，因此需要能夠根據(jù)骨骼肌本身內(nèi)部的變化來 評估所述的生物學(xué)相關(guān)物的方法。
[0005] 然而，還不知道介導(dǎo)蛋白質(zhì)合成和降解方面的變化，最終導(dǎo)致肌纖維萎縮(例如在 癌癥惡病質(zhì)中）的精確的分子機(jī)制。對于已經(jīng)被研究的每一個動物模型，牽設(shè)了不同的途 徑。并且，人的數(shù)據(jù)是很有限的。
[0006] Skipworth等人公布了一個關(guān)于癌癥惡病質(zhì)的特異性的尿指示劑的報(bào)告:關(guān)于人 尿中的癌癥惡病質(zhì)的候選蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物的質(zhì)譜檢測。International Journal of Oncology 36 :973-982,2010。然而，由于不知道所述的分子機(jī)制，存在著重大的假陽性風(fēng) 險(xiǎn)。而且，僅僅提供了定性的指征測定。因此，需要備選的確保對肌纖維萎縮(例如在惡病質(zhì) 中）進(jìn)行早期診斷的生物標(biāo)志物。
[0007] 本公開的簡要說明
[000引本發(fā)明描述了在個體經(jīng)受癥狀或減小的身體的機(jī)能之前，鑒定很可能發(fā)展成遭受 肌萎縮(例如惡病質(zhì)）的病況的個體的方法。由于惡病質(zhì)是癌癥的常見并發(fā)癥，其增加癌癥 死亡率，所述的方法用于鑒定很可能發(fā)展惡病質(zhì)的癌癥患者可W是特別有利的。本發(fā)明利 用一組蛋白質(zhì)標(biāo)志物中的一種或更多種來診斷患者中的肌萎縮，例如在癌癥惡病質(zhì)中。運(yùn) 基于來自所述的個體的尿樣品，不取決于所述的個體是否具有體重減輕?？蒞使用本發(fā)明 來鑒定將會受益于用來逆轉(zhuǎn)所述的肌萎縮的合成代謝介入的患者，或者基于對治療的響應(yīng) 或基于對更高劑量的治療的需要來將患者分類。特別地，所述的方法允許對患者進(jìn)行定量 分析。
[0009] 根據(jù)第一個方面，提供了選擇性地治療患者中的肌萎縮的方法。所述的方法包括： 基于所述的患者的尿中具有顯著地增加水平的由SEQ ID N01至16組成的組中的多膚，選擇 性地向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0010] 根據(jù)第二個方面，提供了采用肌肉合成代謝劑選擇性地治療患有肌萎縮的患者的 方法。所述的方法包括:第一步，基于所述的患者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者；和第二步，向所述的患 者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0011] 根據(jù)第Ξ個方面，提供了采用肌肉合成代謝劑選擇性地治療患有肌萎縮的患者的 方法。所述的方法包括:第一步，測定來自所述的患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的 組中的多膚;第二步，基于來自所述的患者的尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16 組成的組中的多膚，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者;和第Ξ步，向所述的患者施用 治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0012] 根據(jù)第四個方面，提供了預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性的方法。所述的方法包括測定來自患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成 的組中的多膚存在或不存在。其中，在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中 的多膚，指示增加的所述的患者將會應(yīng)答采用肌肉合成代謝劑的治療的可能性;而在尿中 不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，則指示所述的患者將會對 采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的減小的可能性。
[0013] 根據(jù)第五個方面，提供了用于產(chǎn)生可傳播形式的信息的方法，該信息用于預(yù)測患 有肌萎縮的患者對采用肌肉合成代謝劑的治療的響應(yīng)性。所述的方法包括:基于在尿中顯 著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，確定所述的患者對采用所述的肌肉 合成代謝劑的治療應(yīng)答的增加的可能性;并且把所述的確定步驟的所述結(jié)果記錄在有形的 或無形的介質(zhì)形式上，用于傳播。
[0014] 根據(jù)第六個方面，提供了預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性的方法。所述的方法包括:第一步，提供來自患者的尿樣;第二步，例如通過 使所述的樣品接受LC-MS/MS分析，針對在所述的樣品中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的 多膚水平，測定來自患者的尿樣;和第Ξ步，報(bào)告在尿中所述的由SEQ ID NO 1至16組成的 組中的多膚是否W顯著地增加的水平存在于所述的樣品中，其中在尿中顯著增加水平的由 SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚指示對肌肉合成代謝劑應(yīng)答的增加的可能性。
[0015] 根據(jù)第屯個方面，提供了選擇性地預(yù)測在患者中肌萎縮發(fā)展的方法，包括基于患 者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚來鑒定所述的患者， 其中在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，指示發(fā)展肌萎縮的傾 向。
[0016] 根據(jù)第八個方面，提供了選擇性地預(yù)測在患者中肌萎縮發(fā)展的方法，包括:測定來 自患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚;此后，基于來自所述患者的所述尿 樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，挑選用于用肌肉合成代謝 劑治療的患者。
[0017] 根據(jù)第九個方面，提供了預(yù)測患者將會發(fā)展肌萎縮的可能性的方法，包括測定來 自所述患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚存在或不存在，其中：在尿中顯 著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，指示增加的所述的患者將會發(fā)展肌 萎縮的可能性;而在尿中不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，貝U 指示所述的患者將會發(fā)展肌萎縮的減小的可能性。
[0018] 根據(jù)第十個方面，提供了用于產(chǎn)生可傳播形式的用于預(yù)測患者是否將會發(fā)展肌萎 縮的信息的方法，該方法包括:基于在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中 的多膚，確定增加的所述的患者發(fā)展肌萎縮的可能性;并且把所述的確定步驟的所述結(jié)果 記錄在有形的或無形的介質(zhì)形式上，用于傳播。
[0019] 根據(jù)第十一個方面，提供了預(yù)測患者將會發(fā)展肌萎縮的可能性的方法，包括:提供 來自所述患者的尿樣;例如通過使所述的樣品接受LC-MS/MS分析，針對在所述的樣品中由 SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚水平，測定來自所述患者的尿樣;和報(bào)告在尿中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚是否W顯著地增加的水平存在于所述的樣品中，其中在尿 中所述的顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚指示增加的所述的患者發(fā) 展肌萎縮的可能性。
[0020] 在根據(jù)本發(fā)明方面的方法中，所述的測定步驟可W包括選自單獨(dú)地或W組合方式 的免疫測定、免疫組織化學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、Western印跡、HPLC、質(zhì)譜的技術(shù)，例如LC- MS/MSo
[0021] 根據(jù)第十二個方面，提供了用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特 征在于:基于所述患者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚， 向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0022] 根據(jù)第十Ξ個方面，提供了用于治療患者中肌萎縮的肌肉合成代謝劑，包括測定 來自所述的患者的尿樣，確定患者的尿中是否具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組 成的組中的多膚，并且如果存在升高水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，則將要 向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0023] 根據(jù)第十四個方面，提供了用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特 征在于:基于所述的患者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多 膚，挑選用于采用肌肉合成代謝劑治療的患者；W及此后向所述的患者施用治療有效量的 肌肉合成代謝劑。
[0024] 根據(jù)第十五個方面，提供了用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特 征在于:測定來自所述患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚;和基于來自所 述患者的所述尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，選擇性地 向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。
[0025] 根據(jù)第十六個方面，提供了用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特 征在于:測定來自所述患者的尿樣的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚;基于來自所述 患者的所述尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚，挑選用于用 肌肉合成代謝劑治療的患者；和選擇性地向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝 劑。
[0026] 可W基于測定步驟來表征根據(jù)本發(fā)明方面的作用劑，該測定步驟包括選自單獨(dú)地 或W組合方式的免疫測定、免疫組織化學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、Western印跡、HPLC、質(zhì)譜的 技術(shù)，例如LC-MS/MS。
[0027] 根據(jù)第十屯個方面，提供了用于預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝 劑的治療應(yīng)答的可能性的試劑盒，其包括至少一個能夠檢測由SEQ ID NO 1至16組成的組 中的多膚存在的探針;和關(guān)于使用所述的探針來測定來自所述的肌萎縮患者的生物樣品中 所述的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚存在的說明書，其中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚指示:所述的患者將會對采用所述的肌肉合成代謝劑治療 應(yīng)答的增加的可能性，而不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚指 示:所述的患者將會對采用所述的肌肉合成代謝劑治療應(yīng)答的減小的可能性。
[0028] 根據(jù)第十八個方面，提供了用于治療患有肌萎縮的患者的試劑盒，其包括治療有 效量的肌肉合成代謝劑;至少一種能夠檢測由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚存在的 探針；關(guān)于使用所述的探針來測定來自所述患者的生物樣品中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多膚的說明書、關(guān)于向所述的患者施用所述的肌肉合成代謝劑的說 明書（如果來自所述患者的生物樣品具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中 的多膚的話）；和任選的用于向所述的患者施用所述的肌肉合成代謝劑的工具。
[0029] 在根據(jù)不同方面的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒中，所述的肌萎縮可W選自由 下列組成的組:廢用性萎縮、惡病質(zhì)、散發(fā)的包含體肌炎、腎衰竭、艾滋病(獲得性免疫缺乏 綜合征)和C0PD(慢性阻塞性肺?。?。所述的惡病質(zhì)可W是癌癥惡病質(zhì)，并且所述的癌癥例如 可W是胃腸道癌癥、膜腺癌或肺癌。
[0030] 在根據(jù)不同方面的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒中，可W挑選在尿中顯著增加 的水平的由沈Q ID NO 1至16組成的組中的多膚中的至少2、3、4、5、6、7、8、9或10種。
[0031] 在根據(jù)不同方面的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒中，在尿中顯著增加水平的由 沈Q ID NO 1至16組成的組中的多膚可W在標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)值范圍至少50% W上、至少60% W上、 至少70% W上、至少80 % W上、至少90% W上、至少100% W上、至少110% W上、至少120% W上、至少130% W上、至少140% W上、至少150% W上、至少160% W上、至少170% W上、至 少180% W上、至少190% W上或至少200% W上。
[0032] 在根據(jù)不同方面的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒中，所述的肌肉合成代謝劑是 ActRIIB抗體(例如bimagrumab)、ActRIIA抗體、可溶性ActRIIB誘巧模擬物、抗筒箭毒堿抗 體(anti-myostatin antibody)、筒箭毒堿前膚、與ActRIIB結(jié)合但是不活化它的筒箭毒堿 誘巧蛋白質(zhì)、β2激動劑、生長素釋放膚激動劑、IGF-1蛋白質(zhì)或其模擬物、SARM、G曲敦動劑/模 擬物或促濾泡素抑制素。
[00削附圖的簡要描述
[0034]圖1是顯示通過AN0VA進(jìn)行的尿蛋白強(qiáng)度對先前的重量損失的統(tǒng)計(jì)分析的火山圖 (X軸代表尿蛋白濃度與患者的重量損失關(guān)聯(lián)的斜率，而Y軸代表P值），對于所述的16種挑選 的蛋白質(zhì)，W黑色突出。
[00對本公開的詳細(xì)說明
[0036] 因此本發(fā)明所述的方法、組合物和試劑盒提供了用于挑選對肌萎縮易感的患者的 工具，從而增強(qiáng)運(yùn)樣的治療的治療效能。
[0037] 因此，在一個方面中，本發(fā)明提供包含用于治療患者中肌萎縮的肌肉合成代謝劑 的組合物，其中基于特異性的尿生物標(biāo)志物來挑選患者。在一種實(shí)施方式中，所述的用于預(yù) 測對療法的治療響應(yīng)性的尿生物標(biāo)志物是根據(jù)SEQ ID NO 1至16的多膚。在本公開的一種 實(shí)施方式中，在患者的尿中，根據(jù)SEQ ID NO 1至16的多膚水平的顯著增加指示增加的（i) 患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或(ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答 的可能性。在本公開的另一種實(shí)施方式中，本文中描述的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度 也是指運(yùn)樣一種情況:其中根據(jù)SEQ ID NO 1至16所述的多膚中的至少一種或至少兩種或 至少Ξ種或至少五種或至少六種或至少屯種或至少八種或至少九種或至少十種或至少十 一種或至少十二種或至少十Ξ種或至少十四種或至少十五種的顯著增加指示增加的（i)患 者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的 可能性。
[0038] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 1的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 2-16組成的組的蛋白質(zhì)中的一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加的 (i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療 應(yīng)答的可能性。
[0039] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 2的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1 和3-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加的 (i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療 應(yīng)答的可能性。
[0040] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 3的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-2和4-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0041] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 4的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-3和5-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0042] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 5的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-4和6-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0043] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 6的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-5和7-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0044] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 7的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-6和8-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0045] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 8的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-7和9-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0046] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 9的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-8和10-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[0047] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 10的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-9和11-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[004引在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 11的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-10和12-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[0049] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 12的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-11和13-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[0050] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 13的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-12和14-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[0051 ]在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 14的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-13和15-16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增 加的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的 治療應(yīng)答的可能性。
[0052] 在本公開的一種實(shí)施方式中，根據(jù)SEQ ID NO 15的多膚和選自由多膚SEQ ID NO 1-14和16組成的組的蛋白質(zhì)中一種或更多種的顯著增加的或升高的蛋白質(zhì)濃度指示增加 的（i)患者將會發(fā)展肌萎縮或無力和/或（ii)所述的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治 療應(yīng)答的可能性。
[0053] 優(yōu)選地，正如本文中描述的那樣，所述的組合物被用于治療癌癥惡病質(zhì)。
[0054] 為了使本發(fā)明可W被更容易地理解，首先定義了某些術(shù)語。在全部詳細(xì)說明中闡 述了另外的定義。
[005引術(shù)語"包會'涵蓋"包括及"由...組成"，例如"包含"X的組合物可W僅僅由X組 成或可W包括另外的某些，例如X+Y。
[0056] 術(shù)語與數(shù)值X有關(guān)的"大約"意指+/-10%，除非上下文W其它方式指明。
[0057] 術(shù)語"生物標(biāo)志物"是指一種或更多種多膚，其可W被用來:或者單獨(dú)地或者W多 種多膚的組合形式，診斷或幫助診斷或預(yù)測肌萎縮;監(jiān)測所述的肌萎縮的進(jìn)展;和/或監(jiān)測 肌萎縮治療的有效性。另外，"生物標(biāo)志物"也是指在從具有發(fā)展肌萎縮、無力或成為惡病質(zhì) 的風(fēng)險(xiǎn)的受試者獲得的尿樣中存在并且升高或顯著地增加的列在表1中的那些蛋白質(zhì)或其 多膚片段。
[0058] 正如本文中所用的那樣，術(shù)語"受試者"和"患苦'包括任何人或非人動物。術(shù)語"非 人動物"包括所有的脊椎動物，例如哺乳動物和非哺乳動物，例如非人靈長類、羊、狗、貓、 馬、牛、雞、兩棲動物、爬行動物等等。
[0059] 術(shù)語"測定"被用來指鑒定、篩選、探測、測試、測量或確定的行為，該行為可W通過 任何常規(guī)手段進(jìn)行。例如，通過使用化ISA測定、Nodhern印跡、成像、血清分型、細(xì)胞分型、 基因測序、表型分析、單元型分型、免疫組織化學(xué)、Western印跡、質(zhì)譜等等，可W測定樣品的 特定的基因或蛋白質(zhì)標(biāo)志物的存在。
[0060] 術(shù)語"檢測"（諸如此類)意指所述的從給定來源提取特定信息的行為，該行為可W 是直接的或間接的。在本文中公開的預(yù)測方法的一些實(shí)施方式中，間接地，例如通過查詢數(shù) 據(jù)庫來檢測生物樣品中給定物(例如等位基因，蛋白質(zhì)水平等等)的存在。術(shù)語"測定"和"確 定"考慮物質(zhì)的轉(zhuǎn)變，例如生物樣品的轉(zhuǎn)變，例如借助于使該樣品接受物理測試，血液樣品 或其它組織樣品從一種狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N狀態(tài)。
[0061] 術(shù)語"獲得"意指取得，例如意指W任何方式，例如通過物理介入(例如活組織檢 查、血液抽取)或非物理介入(例如經(jīng)由服務(wù)器的信息傳送)等等，取得擁有。
[0062] 使用所述的短語"測定生物樣品..."諸如此類來意指可W測試(要么直接地要么 間接地)樣品中給定的萎縮應(yīng)答標(biāo)志物的存在或不存在。將會被理解的是:在一種物質(zhì)存在 表示一種概率而一種物質(zhì)不存在表示不同的概率的情形中，則可W使用運(yùn)樣的物質(zhì)的存在 或不存在來指導(dǎo)治療決定。例如，通過確定在患者中特定應(yīng)答等位基因的實(shí)際存在或通過 確定在患者中特定應(yīng)答等位基因的不存在，可W確定患者是否具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物。在運(yùn) 樣的兩個情形中，已經(jīng)確定所述的患者是否具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物的存在。所述的公開的方 法尤其設(shè)及確定特定的個體是否具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物。
[0063] 正如本文中所用的那樣，短語"萎縮應(yīng)答標(biāo)志物"總體上是指預(yù)測肌萎縮的標(biāo)志 物。在公開的方法、用途和試劑盒的一些實(shí)施方式中，所述的患者具有至少一個萎縮應(yīng)答標(biāo) 志物。
[0064] 正如本文中所用的那樣，在一種實(shí)施方式中，術(shù)語"治療"任何疾病或病癥（即癌癥 惡病質(zhì)）或?qū)θ魏渭膊』虿“Y（即癌癥惡病質(zhì)）的"治療"是指改善所述的疾病或病癥（即減 慢或阻止或減小疾病或其臨床癥狀中的至少一種的發(fā)展）。在另一種實(shí)施方式中，"治療"或 "對...的治療"是指減輕或改善至少一種物理參數(shù)，其包括不能被患者覺察的那些參數(shù)。在 又一種實(shí)施方式中，"治療"或"對...的治療"是指要么W物理方式(例如使可覺察的癥狀穩(wěn) 定化）、W生理學(xué)方式(例如使物理參數(shù)穩(wěn)定化），要么W運(yùn)兩種方式調(diào)整疾病或病癥。用于 評估疾病的治療和/或預(yù)防的方法一般是本領(lǐng)域中已知的。
[0065] 術(shù)語"顯著增加的水平"意指與參考值(例如數(shù)量)相比，定量增加的值，例如數(shù)量。 因此，術(shù)語"顯著地增加的水平"或"升高的水平"可W是指與健康的受試者的對照組相比， 增加的/升高的蛋白質(zhì)濃度，其中如果在受試者的尿中，所述蛋白質(zhì)和/或其多膚片段的數(shù) 量在標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)值范圍至少50 % W上、至少60 % W上、至少70 % W上、至少80 % W上、至少 90% W上、至少100 % W上、至少110 % W上、至少120 % W上、至少130% W上、至少140% W 上、至少150 % W上、至少160% W上、至少170% W上、至少180% W上、至少190% W上或至 少200% W上，則所述蛋白質(zhì)或其多膚片段的濃度被認(rèn)為是增加的/升高的。所述的標(biāo)準(zhǔn)化 數(shù)值范圍也可W是固定值，即不依賴于個體的特定樣品組的值。
[0066] 術(shù)語"標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)值范圍"是指基于本文中所公開的在健康的對照組中生物標(biāo)志 蛋白質(zhì)或其片段的平均濃度，計(jì)算的統(tǒng)計(jì)學(xué)上相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)偏差的上限。
[0067] 術(shù)語"檢測"及其各種詞性形式包括測量及其各種詞性形式。
[0068] 術(shù)語"藥學(xué)上可接受的"意指無毒的物質(zhì)，其不干設(shè)活性成分的生物活性的有效 性。
[0069] 與化合物(例如結(jié)合IL-17的分子或另一種作用劑)有關(guān)的術(shù)語"施用"，被用來指 通過任何途徑向患者遞送該化合物。
[0070] 正如本文中所用的那樣，"治療有效量"是指在向患者(例如人)單次或多次劑量施 用時，有效地用于治療、預(yù)防、防止病癥或復(fù)發(fā)性病癥的發(fā)作、治療、遲滯、減小所述病癥或 復(fù)發(fā)性病癥的嚴(yán)重度、改善所述病癥或復(fù)發(fā)性病癥的至少一種癥狀、或延長所述的患者的 生存超出在沒有運(yùn)樣的治療的情況下所預(yù)期的生存的肌肉合成代謝劑的數(shù)量。當(dāng)向個體施 加單獨(dú)施用的活性成分(例如肌肉合成代謝劑)時，所述的術(shù)語是指單獨(dú)的該成分。當(dāng)W組 合方式施加時，無論W組合方式、順序地或同時地施用，所述的術(shù)語是指產(chǎn)生治療效果的活 性成分的合并數(shù)量。
[0071] 正如本文中所用的那樣，關(guān)于患者的"挑選/選擇"及其各種詞性形式被用來意指 基于（由于)特定的患者具有預(yù)先確定的標(biāo)準(zhǔn)，例如所述的患者具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物，從較 大的患者組中特異性地選擇特定的患者。類似地，"選擇性地治療"是指基于特定的患者具 有預(yù)先確定的標(biāo)準(zhǔn)，向患有特定的疾病的患者提供治療，其中該患者被特異性地選自較大 的一組患者，例如特異性地挑選癌癥患者用于治療，因?yàn)樗龅幕颊呔哂形s應(yīng)答標(biāo)志物。 類似地，"選擇性地施用"是指基于（由于)特定患者具有預(yù)先確定的標(biāo)準(zhǔn)，例如特定的基因 或其它生物標(biāo)志物，向從較大的一組患者中特異性地選擇的患者施用藥物。就挑選、選擇性 地治療和選擇性地施用來說，它意指基于所述患者的特定的生物學(xué)，給患者遞送個性化的 療法，而不是僅僅基于所述的患者患有特定的疾病而給其遞送標(biāo)準(zhǔn)治療方案。關(guān)于本文中 描述的治療方法的挑選，不是指對具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物的患者的偶然的治療，而是是指基 于患者具有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物，深思熟慮地選擇向患者施用肌肉合成代謝劑。因此，選擇性治 療不同于不管患者的等位基因病況，向所有的患者遞送特定藥物的標(biāo)準(zhǔn)治療。
[0072] 正如本文中所用的那樣，"預(yù)測"指示本文中所描述的方法提供信息W使得保健提 供者能夠確定個體將會發(fā)展肌萎縮的可能性或從中挑選的患有萎縮疾病的患者將會對采 用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答或?qū)Σ捎眉∪夂铣纱x劑的治療更加有利地應(yīng)答的可 能性。它不是指W100%準(zhǔn)確性預(yù)測應(yīng)答的能力。而是，技術(shù)人員將會理解它是指增加的概 率。
[0073] 正如本文中所用的那樣，"可能性"和"可能的"是事件發(fā)生的概率有多大的量度。 可W把它與"概率"互換使用?？赡苄允侵赋^推測，但是小于必然性的概率。因此，如果明 理的人利用常識、訓(xùn)練或經(jīng)驗(yàn)斷定鑒于所述的環(huán)境，事件是很可能的（probable),則事件是 可能的（1化ely)。在一些實(shí)施方式中，一旦可能性已經(jīng)被確定，則可肌肉合成代謝劑治 療患者(或治療繼續(xù)或治療W增加的劑量繼續(xù)進(jìn)行)或者不能W所述的肌肉合成代謝劑治 療患者(或治療停止或治療w更低的劑量繼續(xù)進(jìn)行）。
[0074] 短語"增加的可能性"是指事件將會發(fā)生的概率增加。例如，本文中的一些方法允 許預(yù)測患者是否將會顯示對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的增加的可能性，或者與不具 有萎縮應(yīng)答標(biāo)志物的患有萎縮疾病的患者相比，對采用肌肉合成代謝劑的治療更好地應(yīng)答 的增加的可能性。
[0075] 正如本文中所用的那樣，術(shù)語"生物樣品"是指來自患者的樣品，其可W被用于鑒 定、診斷、預(yù)測或者監(jiān)測的目的。優(yōu)選的樣品包括滑液、血液、血液衍生的產(chǎn)品（例如血沉棟 黃層、血清和血漿）、淋己、尿、眼淚、唾液、毛球細(xì)胞、腦脊髓液、頰拭子、糞便、滑液、滑膜細(xì) 胞、疲或者組織樣品（例如軟骨樣品）。另外，本領(lǐng)域技術(shù)人員將會認(rèn)識到：在分級或純化工 序(例如從全血中分離DNA似后，一些樣品將會更加容易地被分析。
[0076] 術(shù)語"肌萎縮"是指所述的肌肉質(zhì)量的減少；它可W是肌肉的部分或完全消耗掉。 它包括任何種類的肌萎縮，包括由于采用糖皮質(zhì)激素（例如氨化可的松、地塞米松、倍他米 松、潑尼松、甲潑尼龍或潑尼松龍)治療而造成的結(jié)果。所述的肌萎縮還可W是由于神經(jīng)損 傷而導(dǎo)致的去神經(jīng)支配的結(jié)果或由退化的、新陳代謝的或炎性的神經(jīng)?。ɡ鏕uillian- Barre綜合征、周圍神經(jīng)病或暴露于環(huán)境毒素或藥物）引起。另外，所述的肌萎縮可W由下列 引起:肌病(例如肌強(qiáng)直）；先天性肌病，包括線形體肌病、多/微核肌病和肌管性（中央核性） 肌病;線粒體肌病;家族性周期性麻搏;炎性肌病;新陳代謝性肌病，例如由糖原或脂質(zhì)積累 病所引起的；皮肌炎；多肌炎;包含體肌炎;骨化性肌炎;橫紋肌溶解和肌紅蛋白尿。所述的 肌病可W由肌營養(yǎng)不良綜合征(例如Duchenne肌營養(yǎng)不良、Becker肌營養(yǎng)不良、肌強(qiáng)直肌營 養(yǎng)不良、面肩化型肌營養(yǎng)不良、Eme巧-Dreifuss肌營養(yǎng)不良、眼咽肌營養(yǎng)不良、肩腫化骨肌 營養(yǎng)不良、肢帶型肌營養(yǎng)不良、Fukuyama肌營養(yǎng)不良、先天性肌營養(yǎng)不良或遺傳性遠(yuǎn)端肌 病)所引起。另外，所述的肌萎縮可W由下列引起:成年人運(yùn)動神經(jīng)元病、嬰兒脊髓性肌萎 縮、肌萎縮性側(cè)索硬化、幼年期脊髓性肌萎縮、自身免疫運(yùn)動神經(jīng)病伴隨多灶導(dǎo)體阻斷、由 于中風(fēng)或脊髓損傷而導(dǎo)致的擁痕、由于創(chuàng)傷而導(dǎo)致的骨骼固定、長時間邸床休息、自愿的不 活動、非自愿的不活動、代謝性應(yīng)激或營養(yǎng)不足、癌癥、艾滋病、絕食、甲狀腺病癥、糖尿病、 良性先天性肌緊張低下癥、中央軸空病、燒傷、慢性阻塞性肺病、肝臟疾病(實(shí)例例如為纖維 化、硬化）、脈毒癥、腎衰竭、充血性屯、力衰竭、老化、宇宙飛行或在零重力環(huán)境中花費(fèi)的時 間。
[0077] 術(shù)語"惡病質(zhì)"是指不能W營養(yǎng)方式被逆轉(zhuǎn)并且一般地與基礎(chǔ)疾?。ɡ绨┌Y、 C0PD、艾滋病、屯、力衰竭等等）相關(guān)的身體質(zhì)量的減少化vans WJ，Mo;rley JE，A;riglesJ等 人，Cachexia:a new definition.Clinical Nutrition 2008;27:793-799)。
[0078] 術(shù)語"癌癥惡病質(zhì)"是指由所述的化aron等人闡述的定義:Definition of cancer cachexia:effect of weight loss,reduced food intake,and systemic inflammation on functional status and prognosis；Am J ClinNutr 2006;83:1345-1350。
[0079] 所述的術(shù)語"肌肉合成代謝劑"是指提供肌肉生長的任何作用劑，例如已知能夠在 遭受肌肉無力和/或萎縮運(yùn)樣的病況的患者中防止或逆轉(zhuǎn)肌肉無力和/或萎縮的任何藥物 和包含所說的藥物的組合物，其中被健康主管部口批準(zhǔn)用于治療遭受肌肉無力或萎縮的患 者的藥物是特別優(yōu)選的。運(yùn)樣的作用劑的實(shí)例是ActRIIB抗體、ActRIIA抗體、可溶性 ActRIIB誘巧模擬物、抗筒箭毒堿抗體、筒箭毒堿前膚、與ActRIIB結(jié)合但是不活化它的筒箭 毒堿誘巧蛋白質(zhì)、β2激動劑、生長素釋放膚激動劑、IGF-1蛋白質(zhì)或其模擬物、選擇性雄激素 受體調(diào)節(jié)劑(SARM)、生長激素 (GH)激動劑/模擬物或促濾泡素抑制素。例如，肌肉合成代謝 劑是在W02010125003中公開的那些ActRIIB抗體，特別是被定名為Bimagrumab(I順:國際非 專利商標(biāo)名）的ActRIIB抗體。此外，肌肉合成代謝劑是在US7632499W及US8063188中公開 的那些筒箭毒堿抗體和在W02006012627中公開的那些可溶性ActRIIB誘巧模擬物W及在 胖02007146689、胖0200040613、胖005033134、胖02006074390、胖020050331：34或胖0200040613中 公開的那些IGF-1模擬物。
[0080] 正如本文中所用的那樣，在施用治療有效量的上下文中所述的術(shù)語"治療有效量" 通常是指當(dāng)向受試者施用活性成分時，足W提供治療益處(例如足W治療所述的肌萎縮)的 活性成分(例如Bimagrumab)的數(shù)量。
[0081] 可適于向受試者提供治療有效量的任何方式向受試者給藥肌肉合成代謝劑。 可W改變本發(fā)明所述的藥物組合物中活性劑的實(shí)際劑量水平，W便在對患者無毒的情況 下，獲得有效地達(dá)到所要的針對特定的患者、組合物和施用模式的治療應(yīng)答的活性劑的數(shù) 量。所選擇的劑量水平將會取決于多種藥物動力學(xué)因素，包括使用的本發(fā)明所述的特定的 組合物或其醋、鹽或酷胺的活性、施用途徑、施用時間、所使用的特定的化合物的排泄速率、 治療的持續(xù)時間、與所使用的特定的組合物組合使用的其它藥物、化合物和/或材料、待被 治療的患者的年齡、性別、體重、病況、一般健康情況和在先的醫(yī)療史等等醫(yī)藥領(lǐng)域中熟知 的因素。
[0082] 可W利用本領(lǐng)域中已知的多種方法中的一種或更多種，通過一種或更多種施用途 徑施用本發(fā)明的組合物。正如熟練的技術(shù)人員將會理解的那樣，施用途徑和/或模式將會取 決于想要的結(jié)果而變化。施用途徑可W包括靜脈內(nèi)、肌肉內(nèi)、皮內(nèi)、腹膜內(nèi)、皮下、脊椎或其 它腸胃外的施用途徑，例如通過注射或輸注。正如本文中所用的那樣，所述的短語"腸胃外 施用"意指不同于腸內(nèi)和局部施用的施用模式，通常通過注射，并且包括但不限于靜脈內(nèi)、 肌肉內(nèi)、動脈內(nèi)、銷內(nèi)、囊內(nèi)、眶內(nèi)、屯、內(nèi)、皮內(nèi)、腹膜內(nèi)、經(jīng)氣管、皮下、表皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、囊下、 蛛網(wǎng)膜下、脊髓內(nèi)、硬膜外和干內(nèi)（intrastemal)注射和輸注。備選地，可W通過非腸胃外途 徑(例如局部、表皮或粘膜施用途徑，例如鼻內(nèi)、口服、陰道、直腸、舌下或局部)施用組合物。
[0083] 可W采用載體來制備活性化合物，載體將會保護(hù)所述的化合物W防其迅速釋放， 例如控釋制劑，包括植入物、皮膚貼片和微囊包裹的遞送系統(tǒng)?？蒞使用可生物降解的、生 物相容的聚合物，例如乙締-乙酸乙締基醋、聚酢、聚乙醇酸、膠原、聚原酸醋和聚乳酸。用于 制備運(yùn)樣的制劑的許多方法被專利公開了或一般是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。參見例如 Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems，J. R. Robinson主編， Marcel Dekker，Inc.，New York，1978。
[0084] 用于腸內(nèi)或腸胃外施用的組合物例如是單位劑型，例如糖衣片劑、片劑、膠囊、栓 劑或安爾。
[0085] 在單個劑量中活性成分的單位含量本身不必構(gòu)成治療有效量，因?yàn)檫\(yùn)樣一個數(shù)量 可W通過施用許多劑量單位達(dá)到。根據(jù)本發(fā)明的組合物可W包含例如大約10%至大約 100%，優(yōu)選地大約20%至大約60%的活性成分。
[0086] 如果不W其它方式指示，W-種本身已知的方式，例如借助于常規(guī)的混合、造粒、 糖包衣、溶解或凍干工藝來制備根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物。在制備用于口服劑型的組合物 中，可w使用任何通常的藥物介質(zhì)，例如水、二元醇、油類、醇類、載體(例如淀粉、糖或微晶 纖維素）、稀釋劑、?；瘎?、潤滑劑、粘合劑、崩解劑等等。由于它們的易于施用，片劑和膠囊 代表了最有利的口服單位劑型，無論在哪種情況下，都明顯地使用了固體藥物載體。
[0087] 序列
[0088] 在本說明書中提到的序列在表1中找到。
[0089] 表1.序列表
[0090]
[0091]
[0092
[0093]
[0094]
[0095]
實(shí)施例
[0096] 提供下列實(shí)施例用來舉例說明本發(fā)明的各種實(shí)施方式，但是并不W任何方式對本 發(fā)明構(gòu)成限制。
[0097] 1.采樣
[0098] 獲得了來自63個人的尿樣。運(yùn)些尿樣包括23個來自具有>10%的發(fā)病前體重的重 量損失的癌癥患者的樣品(8個胃/EGJ/食道癌、13個膜腺癌、1個十二指腸癌和1個小腸癌）； 32個來自具有<10%的重量損失的癌癥患者的樣品（22個胃/EGJ/食道癌、9個膜腺癌和1個 膜腺/十二指腸癌）；和8個來自健康的志愿者的樣品。發(fā)病前的體重是指在診斷所述的癌癥 之前，從醫(yī)療史或從病歷獲得的患者的已知體重。另外，使用了 5個正常對照樣品。在 Novadis，Camb;ridge W盲方式分析所述的樣品。
[0099] 2.生物標(biāo)志物評估
[0100] 使用20化尿進(jìn)行蛋白質(zhì)濃度測量。進(jìn)行本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的化a壯ord測定來測 量每一個樣品的總蛋白質(zhì)濃度。通過總蛋白質(zhì)的量把尿樣歸一化。從每一種樣品中取出不 同體積的尿(范圍從70μ1至1.95ml)。把50mM化iS緩沖液抑7.5添加到每一種樣品的頂部， 達(dá)到相同的最終體積。向每一種樣品中添加蛋白酶抑制劑W把在配制期間的蛋白酶解最小 化。向每一種樣品中添加扣g的締醇酶作為內(nèi)標(biāo)。讓所有的尿樣通過3kDaMWC0過濾器過濾。 使用高M(jìn)W含量的蛋白質(zhì)進(jìn)行運(yùn)項(xiàng)研究。使尿蛋白質(zhì)樣品變性(尿素）、還原(DTT)和烷基化 (艦乙酷胺），然后向每一種樣品添加膜蛋白酶，在37°C進(jìn)行過夜消化。
[0101] 在消化的結(jié)尾，向每一種樣品中添加甲酸(最終濃度2%) W終止所述的消化。使用 MCX板來清潔消化的樣品。把每一種清潔的、重構(gòu)的樣品的等分試樣注射到LC-MS/MS用于分 析。在300umXl50mm C18柱上，利用90分鐘的從5 %B(在0.1 %甲酸中的乙臘)到45 %B的梯 度，采用1 5化/分鐘的流速實(shí)現(xiàn)L C分離。流動相A是具有0 . 1 %甲酸的水。通過L T Q OrbitrapVelos質(zhì)譜儀測量洗脫的膚。每幾秒選擇頂部20個最豐富的膚峰值，用于在MS中進(jìn) 行片段化，并且記錄每一種所挑選的膚的片段譜W及利用該片段譜進(jìn)行測序和鑒定。在歸 一化之后，在MS水平上的膚峰強(qiáng)度反映了相應(yīng)的膚的豐度并且將其用于定量分析中。對于 每一種患者樣品，進(jìn)行Ξ輪LC-MS/MS。
[0102] 3.數(shù)據(jù)分析
[0103] 所述的初步分析是截至收集尿時為止的尿蛋白質(zhì)或膚與所述的患者報(bào)告的重量 損失之間的相關(guān)性的分析。
[0104] 把所有取得的原始數(shù)據(jù)文件輸入本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的Progenesis軟件中。綜合 比對設(shè)及利用一輪作為參考，自動布置界標(biāo)(載體）、計(jì)算在參考輪的保留時間和被比對的 那些輪的保留時間之間非線性作圖。對于每一輪，進(jìn)行峰值挑選，并且把來自所有輪的特征 集合到一個主表中，并且隨后針對所有的輪，將具有m/z數(shù)值和保留時間的特征繪圖，對于 每一輪中的每一個特征，提取峰面積。為了蛋白質(zhì)鑒定，把與每一個特征有聯(lián)系的MS/MS數(shù) 據(jù)輸出到Mascot，用于蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫檢索。把Mascot捜索結(jié)果輸入回Progenesis，用于 特征注釋。最后，把具有膚和蛋白質(zhì)序列、強(qiáng)度、Mascot得分等等的數(shù)據(jù)表作為CSV文件輸 出，用于統(tǒng)計(jì)分析。
[0105] W文本格式輸出具有膚和蛋白質(zhì)強(qiáng)度的數(shù)據(jù)表并且將其輸入到R統(tǒng)計(jì)軟件包中用 于分析。進(jìn)行包括PCA、分級群聚和隨機(jī)的森林回歸在內(nèi)的多變量分析W評定所述的數(shù)據(jù)的 總的質(zhì)量和結(jié)構(gòu)。
[0106] 所述技術(shù)的重復(fù)測量的再現(xiàn)性是良好的，并且沒有觀察到明顯的離群值譜。在數(shù) 據(jù)集中，性別和年齡也沒有表現(xiàn)為重要因素。
[0107] 在患者重量損失和蛋白質(zhì)強(qiáng)度之間的單變量回歸產(chǎn)生大量顯著的相關(guān)性（1巧中蛋 白質(zhì)具有<10-6的P值，沒有針對多重測試進(jìn)行調(diào)整）。所有運(yùn)些與重量損失具有負(fù)相關(guān)性，即 在惡病質(zhì)患者中具有更高的強(qiáng)度。
[0108] 對樣品群的人口統(tǒng)計(jì)概括見于表2中。
[0109] 表2.人口統(tǒng)計(jì)概括。
[0110]
[Ο??] ΒΜΙ =人體質(zhì)量指數(shù)
[0112]關(guān)于每個治療組的疾病特征的綜述見于表3中。
[0113] 表3.每個治療組的疾病特征。
[0114]
[0115] 4.結(jié)果
[0116] 在患者的重量損失和蛋白質(zhì)強(qiáng)度之間的單變量回歸產(chǎn)生大量的顯著的相關(guān)性（11 蛋白質(zhì)具有<10-6的P值，沒有針對多重測試進(jìn)行調(diào)整）。
[0117] 通過AN0VA對尿蛋白質(zhì)強(qiáng)度VS先前的重量損失的統(tǒng)計(jì)分析已經(jīng)鑒定了具有統(tǒng)計(jì)學(xué) 上顯著的相關(guān)性的蛋白質(zhì)，如圖1中所示。X軸顯示在從其中獲得尿樣的患者中，尿中蛋白質(zhì) 的濃度VS重量損失之間關(guān)聯(lián)的斜率。Υ軸指示回歸線斜率的標(biāo)稱Ρ值。在運(yùn)一分析中的斜率 對應(yīng)于效果的大小，更高的（正的或負(fù)的)值指示在患者的樣品之間在蛋白質(zhì)強(qiáng)度方面更大 的變化。曲線圖向左偏斜，顯示與重量損失具有良好相關(guān)性的大多數(shù)蛋白質(zhì)是負(fù)相關(guān)的，其 在具有更高的重量損失的患者中具有更高的強(qiáng)度。在運(yùn)一曲線圖中最顯著地變化的蛋白質(zhì) 的特征在于低Ρ值和高(負(fù)的)斜率，對應(yīng)于在左下角中的點(diǎn)。
[0118] 運(yùn)一分析指示鑒定了堅(jiān)固的蛋白質(zhì)范圍，而且相對小的一組與先前的重量損失有 關(guān)。
[0119] 頂部16種多膚全部具有小于2χ 1〇-6的標(biāo)稱Ρ值。運(yùn)些頂部16種多膚是指示癌惡病 質(zhì)的生物標(biāo)志物，并且它們被概括在表4中，并且它們的序列見于表1。
[0120] 表4.最顯著的蛋白質(zhì)列表。
[0121]
[0122] 因此，所述的頂部16個多膚(表1和4)指示癌癥惡病質(zhì)。因?yàn)榘┌Y惡病質(zhì)是肌萎縮 綜合征，能夠合理地預(yù)期鑒定的表4中的顯著的多膚的出現(xiàn)也將會預(yù)測其它的肌萎縮綜合 征，例如廢用性萎縮、惡病質(zhì)、散發(fā)的包含體肌炎、腎衰竭、艾滋病(獲得性免疫缺乏綜合征） 和C0PD(慢性阻塞性肺?。?。
[0123] 因此，在一種實(shí)施方式中，本發(fā)明包括指示廢用性萎縮、惡病質(zhì)、散發(fā)的包含體肌 炎、腎衰竭、艾滋病(獲得性免疫缺乏綜合征)和C0PD(慢性阻塞性肺病)的生物標(biāo)志物。
[0124] 可W單獨(dú)地或W組合方式使用本發(fā)明的生物標(biāo)志物。
[01巧]在一種實(shí)施方式中，WSEQ ID NOs 1至16的生物標(biāo)志物中2、3、4、5、6、7、8、9或10 種的組合使用生物標(biāo)志物。
[0126]可W利用具有本領(lǐng)域普通技術(shù)的人員已知的任何方法檢測所說的一種或更多種 生物標(biāo)志物的表達(dá)。在一種實(shí)施方式中，可W利用檢測所說的一種或更多種生物標(biāo)志物的 試劑來檢測所說的一種或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)。所說的試劑可W是特異性地檢測所說 的一種或更多種生物標(biāo)志物的任何試劑。所說的試劑可w是對于所述的生物標(biāo)志物特異性 的抗體(天然的或合成的）或其片段、膚、核酸或可W特異性地檢測生物標(biāo)志物的任何其它 試劑。
[0127]在另一種實(shí)施方式中，采用可檢測的物質(zhì)直接地或間接地標(biāo)記所說的試劑。所述 的可檢測的物質(zhì)例如可W從例如由放射性同位素、巧光化合物、酶和酶輔因子組成的組中 選擇。標(biāo)記抗體的方法是本領(lǐng)域中熟知的。
[01%]在又一種實(shí)施方式中，可W通過化ISA、RCA免疫測定、化學(xué)發(fā)光、薄膜光生物傳感 器、質(zhì)子共振技術(shù)、蛋白質(zhì)微陣列測定或本領(lǐng)域中已知的任何其它檢測方法，來檢測所說的 一種或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
[0129] 在另一種實(shí)施方式中，利用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的質(zhì)譜，例如LC-MS或LC-MS/MS， 來檢測所說的一種或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)。
[0130] 在一種實(shí)施方式中，給根據(jù)本文中其它實(shí)施方式的所述的生物標(biāo)志物補(bǔ)充另外的 數(shù)據(jù)，例如所述的患者的CD掃描。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 選擇性地治療患者中的肌萎縮的方法，其包括:基于所述的患者的尿中具有顯著地 增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，選擇性地向所述的患者施用治療有效 量的肌肉合成代謝劑。2. 采用肌肉合成代謝劑選擇性地治療患有肌萎縮的患者的方法，其包括： a) 基于所述的患者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多 肽，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者;和 b) 之后，向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。3. 采用肌肉合成代謝劑選擇性地治療患有肌萎縮的患者的方法，其包括： a) 測定來自所述的患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽； b) 其后，基于來自所述的患者的尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的 組中的多肽，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者;和 c) 其后，向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。4. 預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的可能性的方法，其 包括測定來自患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽存在或不存在，其中： a) 在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，指示增加的所述的 患者將會應(yīng)答采用肌肉合成代謝劑的治療的可能性;并且 b) 在尿中不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，則指示所述 的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的減小的可能性。5. 產(chǎn)生可傳播形式的信息的方法，該信息是關(guān)于預(yù)測患有肌萎縮的患者對采用肌肉合 成代謝劑的治療的響應(yīng)性的，所述的方法包括： a) 基于在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，確定所述的患 者對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的增加的可能性；以及 b) 把所述的確定步驟的所述結(jié)果記錄在有形的或無形的介質(zhì)形式上，用于傳播。6. 預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的可能性的方法，其 包括： a) 提供來自患者的尿樣； b) 針對在所述的樣品中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽水平，測定來自患者的 尿樣;和 c) 報(bào)告在尿中所述的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽是否以顯著地增加的水平 存在于所述的樣品中，其中在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽 指示對肌肉合成代謝劑應(yīng)答的增加的可能性。7. 選擇性地預(yù)測在患者中肌萎縮發(fā)展的方法，包括基于患者的尿中具有顯著增加水平 的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽來鑒定所述的患者，其中在尿中顯著增加水平的 由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，指示發(fā)展肌萎縮的傾向。8. 選擇性地預(yù)測在患者中肌萎縮發(fā)展的方法，包括： a) 測定來自患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽； b) 此后，基于來自所述患者的所述尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成 的組中的多肽，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者。9. 預(yù)測患者將會發(fā)展肌萎縮的可能性的方法，包括測定來自所述患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽存在或不存在，其中： a) 在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，指示增加的所述的 患者將會發(fā)展肌萎縮的可能性;和 b) 在尿中不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，則指示所述 的患者將會發(fā)展肌萎縮的減小的可能性。10. 產(chǎn)生可傳播形式的用于預(yù)測患者是否將會發(fā)展肌萎縮的信息的方法，該方法包括： a) 基于在尿中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，確定增加的所 述的患者發(fā)展肌萎縮的可能性；以及 b) 把所述的確定步驟的所述結(jié)果記錄在有形的或無形的介質(zhì)形式上，用于傳播。11. 預(yù)測患者將會發(fā)展肌萎縮的可能性的方法，包括： a) 提供來自所述患者的尿樣； b) 針對在所述的樣品中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽水平，測定來自所述患 者的尿樣;和 c) 報(bào)告在尿中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽是否以顯著地增加的水平存在于 所述的樣品中，其中在尿中所述的顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽 指示增加的所述的患者發(fā)展肌萎縮的可能性。12. 根據(jù)權(quán)利要求3、4、6、8、9或11的方法，其中所述的測定步驟包括選自單獨(dú)地或以組 合方式的免疫測定、免疫組織化學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、Western印跡、HPLC、質(zhì)譜的技術(shù)。13. 根據(jù)權(quán)利要求6或11的方法，其中所述技術(shù)是LC-MS/MS。14. 用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特征在于:基于所述患者的尿中 具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，向所述的患者施用治療有效 量的肌肉合成代謝劑。15. 用于治療患者中肌萎縮的肌肉合成代謝劑，包括 a) 測定來自所述的患者的尿樣， b) 確定患者的尿中是否具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽， 并且 如果存在升高水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽，則將要向所述的患者施 用治療有效量的肌肉合成代謝劑。16. 用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特征在于： a) 基于所述的患者的尿中具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多 肽，挑選用于采用肌肉合成代謝劑治療的患者； 以及 b) 此后向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。17. 用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特征在于： a) 測定來自所述患者的尿樣中由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽;和 b) 基于來自所述患者的所述尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中 的多肽，選擇性地向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。18. 用于治療患有肌萎縮的患者的肌肉合成代謝劑，其特征在于： a)測定來自所述患者的尿樣的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽； b) 基于來自所述患者的所述尿樣具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中 的多肽，挑選用于用肌肉合成代謝劑治療的患者;和 c) 選擇性地向所述的患者施用治療有效量的肌肉合成代謝劑。19. 根據(jù)權(quán)利要求15、17或18的作用劑，其中該測定步驟包括選自單獨(dú)地或以組合方式 的免疫測定、免疫組織化學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、Western印跡、HPLC、質(zhì)譜的技術(shù)。20. 根據(jù)權(quán)利要求19的作用劑，其中所述技術(shù)是LC-MS/MS。21. 用于預(yù)測患有肌萎縮的患者將會對采用肌肉合成代謝劑的治療應(yīng)答的可能性的試 劑盒，其包括 a) 至少一個能夠檢測由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽存在的探針;和 b) 關(guān)于使用所述的探針來測定來自所述的肌萎縮患者的生物樣品中所述的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽存在的說明書，其中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成 的組中的多肽指示:所述的患者將會對采用所述的肌肉合成代謝劑治療應(yīng)答的增加的可能 性，而不存在顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽指示:所述的患者將會 對采用所述的肌肉合成代謝劑治療應(yīng)答的減小的可能性。22. 用于治療患有肌萎縮的患者的試劑盒，其包括 a) 治療有效量的肌肉合成代謝劑； b) 至少一種能夠檢測由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽存在的探針； c) 關(guān)于使用所述的探針來測定來自所述患者的生物樣品中顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽的說明書， d) 關(guān)于向所述的患者施用所述的肌肉合成代謝劑的說明書，如果來自所述患者的生物 樣品具有顯著增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽的話;和 e) 任選的，用于向所述的患者施用所述的肌肉合成代謝劑的工具。23. 根據(jù)權(quán)利要求1至13所述的方法、根據(jù)權(quán)利要求14至20所述的肌肉合成代謝劑或根 據(jù)權(quán)利要求21至22所述的試劑盒，其中肌萎縮選自由下列組成的組:廢用性萎縮、惡病質(zhì)、 散發(fā)的包含體肌炎、腎衰竭、艾滋病(獲得性免疫缺乏綜合征)和coro(慢性阻塞性肺?。?。24. 根據(jù)權(quán)利要求23的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒，其中所述的惡病質(zhì)是癌癥惡病 質(zhì)。25. 根據(jù)權(quán)利要求24的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒，其中所述的癌癥是胃腸道癌 癥、胰腺癌或肺癌。26. 根據(jù)權(quán)利要求23至25所述的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒，其中基于在尿中具有 顯著的增加水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽中的至少2、3、4、5、6、7、8、9或10 種，來挑選所述的患者。27. 根據(jù)權(quán)利要求23至26所述的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒，其中在尿中顯著增加 水平的由SEQ ID NO 1至16組成的組中的多肽在標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)值范圍至少50%以上、至少60% 以上、至少70%以上、至少80%以上、至少90 %以上、至少100%以上、至少110%以上、至少 120%以上、至少130%以上、至少140%以上、至少150%以上、至少160%以上、至少170%以 上、至少180%以上、至少190%以上或至少200%以上。28. 根據(jù)權(quán)利要求23至27所述的方法、肌肉合成代謝劑或試劑盒，其中所述的肌肉合成 代謝劑是ActRIIB抗體，例如Bimagrumab，ActRIIA抗體、可溶性ActRIIB誘t耳模擬物、抗筒箭
【文檔編號】G01N33/53GK105992951SQ201580006032
【公開日】2016年10月5日
【申請日】2015年1月26日
【發(fā)明人】S·倫克爾, R·魯貝諾夫, Y·K·王, K·朱
【申請人】諾華股份有限公司