本發(fā)明屬于細(xì)胞核提取,具體涉及一種細(xì)胞核提取試劑盒在植物組織細(xì)胞核的提取和純化中的應(yīng)用。
背景技術(shù):
1、近年來,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)得到了蓬勃的發(fā)展,已經(jīng)廣泛應(yīng)用于各類物種(特別是人、小鼠等)的不同類型組織和細(xì)胞系,包括對正常和病變細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序。但對于植物組織和植物細(xì)胞開展單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序還面臨著不小的挑戰(zhàn):植物細(xì)胞被固定在剛性細(xì)胞壁基質(zhì)中,分離單細(xì)胞時需要將其移除;植物細(xì)胞壁的酶消化是一種重要的脅迫源,容易刺激植物細(xì)胞出現(xiàn)應(yīng)激反應(yīng),誘導(dǎo)壓力應(yīng)答基因的表達(dá),人為引入轉(zhuǎn)錄偏差;植物原生質(zhì)體大小存在可變性(滲透壓導(dǎo)致的原生質(zhì)體脹大);質(zhì)體細(xì)胞器、和液泡中存在可與rna相互作用的次級代謝物;不同組織類型間適用的酶組合不同,需要優(yōu)化消化細(xì)胞壁所需的酶;制備的原生質(zhì)體很脆弱,活性波動大。而植物單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序,可以較好地克服上述困難。但目前還缺少通用的植物細(xì)胞核提取試劑和方法,尤其是凍存植物細(xì)胞核提取試劑和方法。鑒于此,本發(fā)明針對現(xiàn)有技術(shù)中存在的不足,提供一種適用于冷凍植物或新鮮植物的單細(xì)胞核提取純化方法。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、為了解決新鮮植物樣本采集后不能立即進(jìn)行細(xì)胞核提取、凍存的回顧性樣本細(xì)胞核提取后資源利用以及剩余樣本凍存后的再檢測的問題,本發(fā)明的目的在于提供一種植物細(xì)胞核提取的試劑盒及其應(yīng)用。
2、為了達(dá)到上述目的,本發(fā)明采用如下技術(shù)手段:
3、本發(fā)明的第一方面在于提供一種植物細(xì)胞核提取的試劑盒,用于提取凍存或新鮮植物組織的細(xì)胞核,包括提取試劑和純化試劑;
4、所述提取試劑包括離子緩沖液、金屬陽離子、酸根陰離子、edta、亞精胺(spermidine)、精胺(spermine)和dtt;
5、所述純化試劑包括tris-hcl、蔗糖、氯離子、鉀離子、鎂離子、鈉離子和bsa;
6、優(yōu)選地,所述提取試劑中的離子緩沖液為mes,濃度為20-30mm;mes為兩性離子緩沖液,其pka值接近生理ph值,水溶性好,且不易溶于其他溶劑,不易螯合鹽離子;
7、優(yōu)選地,所述提取試劑中的金屬陽離子包括鈉離子、鎂離子和鉀離子;所述酸根陰離子選自氯離子、硝酸根離子和硫酸根離子中的至少一種;所述鈉離子的濃度為45-55mm;所述酸根陰離子為氯離子,氯離子的濃度為150-190mm;所述鉀離子的濃度為95-105mm、所述鎂離子的濃度為5-15mm;
8、優(yōu)選地,所述提取試劑中的edta的濃度為2-6mm;edta可以防止金屬離子激活蛋白酶,從而減少金屬離子對核酸質(zhì)量的影響;
9、優(yōu)選地,所述提取試劑中的spermidine的濃度為0.2-0.6mm;所述提取試劑中的spermine的濃度為0.20-0.30mm;所述提取試劑中的dtt的濃度為0.3-0.7mm;
10、優(yōu)選地,所述純化試劑中蔗糖的濃度為0.2-0.6mm;所述純化試劑中的tris-hcl的ph為7.4,其濃度為5-15mm;所述純化試劑中的鉀離子的濃度為15-25mm;所述純化試劑中的鎂離子的濃度為5-15mm;所述純化試劑中的鈉離子的濃度為5-15mm;所述純化試劑中的氯離子來自氯化鈉、氯化鎂和氯化鉀;
11、優(yōu)選地,所述純化試劑中的bsa的濃度為0.1wt%;
12、本發(fā)明的第二方面在于分別提供一種植物細(xì)胞核提取的提取試劑和純化試劑的配制方法:
13、提取試劑按照下表所示進(jìn)行組分添加配制:
14、
15、按上表所示1-8的序號配制溶液,并混勻后在2-8℃下保存,并且在使用前加入dtt;
16、純化試劑按照下表所示進(jìn)行組分添加配制:
17、
18、根據(jù)上表將溶液混勻后于2-8℃下保存。
19、本發(fā)明的第三方面在于提供本發(fā)明第一方面所述的試劑盒的使用方法,包括以下步驟:
20、s1,取植物組織于干冰預(yù)冷的研缽中,置于干冰上進(jìn)行研磨至粉末狀;
21、s2,將研磨后的植物組織轉(zhuǎn)至2-8℃預(yù)冷的提取試劑中,用70μm細(xì)胞過濾篩過濾,收集濾液;
22、s3,在4℃下,將s2所得的濾液進(jìn)行離心,離心結(jié)束后棄上清液,得到第一沉淀;
23、s4,用純化試劑對s3所得到的第一沉淀進(jìn)行重懸,并用20μm細(xì)胞過濾篩過濾,收集濾液;
24、s5,在4℃下,將s4所得的濾液進(jìn)行離心,離心結(jié)束后棄上清液,得到第二沉淀;
25、s6,將s5所得的第二沉淀進(jìn)一步用純化試劑進(jìn)行重懸,得到混合物;
26、s7,將s6所得的混合物用流式細(xì)胞儀分選細(xì)胞核,收集分選后的細(xì)胞核,用臺盼藍(lán)染色在顯微鏡下觀察細(xì)胞核形態(tài),并進(jìn)行熒光染色計數(shù)。
27、優(yōu)選地,步驟s1中,所述植物組織可以為新鮮采集的植物組織或者凍存的植物組織;
28、優(yōu)選地,步驟s2中,植物組織與提取試劑的質(zhì)量體積比為1:20(g/ml);
29、優(yōu)選地,步驟s4中,第一沉淀與純化試劑的質(zhì)量體積比為1:10(g/ml)
30、優(yōu)選地,步驟s6中,第二沉淀與純化試劑的質(zhì)量體積比為1:10(g/ml);
31、本發(fā)明的第四方面在于提供本發(fā)明第一方面所述的試劑盒在凍存或新鮮植物組織中的細(xì)胞核提取、純化中的應(yīng)用。
32、本發(fā)明的有益效果
33、相對于現(xiàn)有技術(shù),本發(fā)明具有以下有益效果:
34、(1)本發(fā)明提供的一種植物細(xì)胞核提取的試劑盒,用于植物細(xì)胞核的提取純化,得到的細(xì)胞核核膜完整、基因表達(dá)穩(wěn)定,可用于基因檢測和研究。
35、(2)本發(fā)明提供的試劑盒的使用方法,簡單易操作,原材料易獲得,價格低廉,試劑組分具有良好生物相容性,無有害成分,安全環(huán)保。
36、(3)本發(fā)明所提供的試劑盒的使用方法,區(qū)別于常規(guī)的新鮮植物細(xì)胞核提取純化方法,本方法不僅能提取新鮮植物細(xì)胞核提取純化,且能有效提取液氮凍存的植物細(xì)胞核,使很多不易獲得、不能立即進(jìn)行實驗處理、回顧性、動態(tài)監(jiān)測、溯源性檢測等樣本進(jìn)行有效利用。
1.一種細(xì)胞核提取試劑盒在植物組織細(xì)胞核的提取和純化中的應(yīng)用,其特征在于,所述植物組織包括新鮮植物樣本和凍存植物樣本;
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用,其特征在于,包括以下步驟: