Foxc1和en1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用圖
【專利摘要】本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及FOXC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。本發(fā)明提供FOXC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測瘤株中FOXC1和EN1的表達水平，能夠識別出FOXC1和EN1共同高表達的瘤株，并可進一步預測該類瘤株為高風險、預后差的類型。
【專利說明】
F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或 篩選治療乳腺癌的藥物中的用途
技術(shù)領(lǐng)域
[0001]本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途?！颈尘凹夹g(shù)】
[0002]惡性腫瘤是威脅人民健康的最大危險因素之一，我國每年僅腫瘤死亡人數(shù)近200 萬人，惡性腫瘤造成的經(jīng)濟損失高達1400多億元人民幣。在我國，乳腺癌占所有惡性腫瘤的7% -10%，其發(fā)病率正以每年3% -4%的增長速率急劇增加，增速遠遠高于世界平均水平。雖然乳腺癌有比較好的預后，但其仍居女性因癌癥死亡原因之首。隨著女性防癌意識的增強和乳腺癌篩查方法的廣泛應用，早期發(fā)現(xiàn)的乳腺癌患者中，只有約5%初步診斷為無法治愈。然而30-40%的乳腺癌患者最終會死于乳腺癌復發(fā)。
[0003]預后是指對發(fā)病后，疾病未來過程的一種預先估計。在醫(yī)學上，“預后”是指根據(jù)經(jīng)驗預測的疾病發(fā)展情況。預后主要涉及到三方面，將發(fā)生什么結(jié)果、發(fā)生不良結(jié)局的可能性有多大、什么時候會發(fā)生。預后分析是對疾病發(fā)病后發(fā)展為各種不同結(jié)局的預測；是臨床非常實用、對臨床很有指導作用的臨床研究。研究和評價預后的目的，為了便于了解各種疾病對人類危害性的大小、探索影響預后的因素、研究改善預后的具體措施。
[0004]腫瘤標識物是可以在血清、血漿、其他體液、組織提取物或石蠟固定的組織中檢測到的自然生長的分子。腫瘤標識物可以為乳腺癌的診斷，選擇治療方案、預測疾病進程和復發(fā)以及對治療效果進行監(jiān)測等提供有價值的信息。乳腺癌作為女性排名第一的高發(fā)惡性腫瘤，極為缺乏高效的腫瘤標記物。BRCA-1是最早被發(fā)現(xiàn)的高共顯乳腺癌易感基因，但據(jù)估計BRCA-1、BRCA-2在全部乳腺癌中僅占不到5% ;其他已知乳腺癌易感基因如ATM、PTEN、 TP53等也僅能說明約1%左右的乳腺癌。目前我國在臨床上應用乳腺癌標記物僅有ER、PR 和HER2,其中預后最差的ER-/PR-、HER2-亞型的風險比僅為1.5,而且在同一亞型中，不同病人的預后、存活時間、復發(fā)等都存在著顯著差異。這些數(shù)據(jù)表明，如何對乳腺癌進行準確的分型、盡早判斷腫瘤是否會復發(fā)、轉(zhuǎn)移，進而選擇合理的治療手段，提高乳腺癌患者的生存率和生活質(zhì)量是乳腺癌治療的重要發(fā)展方向。
【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]鑒于以上所述現(xiàn)有技術(shù)的缺點，本發(fā)明的目的在于提供F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，用于解決現(xiàn)有技術(shù)中的問題。本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)F0XC1與EN1共同高表達與高風險乳腺癌的聯(lián)系，通過檢測乳腺癌樣株中 F0XC1和EN1的表達水平，識別出F0XC1和EN1共同高表達的乳腺癌株，并可進一步預測出該類乳腺癌株可能具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預后。
[0006]為實現(xiàn)上述目的及其他相關(guān)目的，本發(fā)明第一方面提供F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。
[0007]所述篩選診斷乳腺癌藥物具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測F0XC1和EN1表達量對可能作為診斷乳腺癌藥物使用的物質(zhì)進行生物活性、藥理作用或藥用價值的評估。
[0008]所述篩選診斷乳腺癌的試劑盒具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測F0XC1和 EN1的表達量對可能作為診斷乳腺癌的試劑盒進行性能的評估，所述性能如準確性、特異性、穩(wěn)定性等。
[0009]所述篩選治療乳腺癌藥物具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測F0XC1和EN1表達量對可能作為治療乳腺癌藥物使用的物質(zhì)進行生物活性、藥理作用或藥用價值的評估。
[0010]優(yōu)選的，所述制備診斷乳腺癌的藥物或試劑盒中，所述診斷乳腺癌具體指對乳腺癌惡性程度的預測和/或?qū)θ橄侔╊A后的判斷。
[0011]更優(yōu)選的，所述乳腺癌惡性程度的預測具體指通過F0XC1和EN1表達量的檢測對乳腺癌樣株的惡性程度進行預測。
[0012]更優(yōu)選的，所述乳腺癌預后的判斷具體指通過F0XC1和EN1表達量的檢測對乳腺癌病人的病程和/或結(jié)局進行預后判斷。
[0013]具體的，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達表示乳腺癌樣株具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預后；F0XC1和EN1共同低表達表示乳腺癌樣株具有較低的惡性程度，并表現(xiàn)出較好的預后。
[0014]本發(fā)明提供第二方面提供一種基于F0XC1與EN1共同高表達的高風險乳腺癌的新型診斷法，所述診斷方法具體為通過檢測腫瘤樣株中F0XC1和EN1的表達水平對乳腺癌病人的預后進行判斷。
[0015]具體的，所述檢測腫瘤樣株中F0XC1和EN1的表達水平是指將現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中的腫瘤樣株的F0XC1和EN1表達量信息進行數(shù)據(jù)分布分析，再檢測患者乳腺癌樣株中F0XC1和 EN1的表達水平，根據(jù)數(shù)據(jù)分布識別出這兩個基因共同高表達的乳腺癌樣株。
[0016]在本發(fā)明實施例中，在統(tǒng)計學軟件R工作平臺中調(diào)用聚類分析程序包mclust進行數(shù)據(jù)分布分析。
[0017]所述乳腺癌病人的預后進行判斷具體指，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達的這類乳腺癌株可能具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預后。
[0018]本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測瘤株中F0XC1和EN1的表達水平，能夠識別出F0XC1 和EN1共同高表達的瘤株，并可進一步預測該類瘤株為高風險、預后差的類型。此外，經(jīng)公開可得的乳腺癌病人微陣列和二代測序的基因表達數(shù)據(jù)和存活數(shù)據(jù)證實，通過F0XC1和 EN1表達量的表征，能夠有效預測出高風險、預后差的瘤株，可見F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物的用途中具有高度產(chǎn)業(yè)利用價值?！靖綀D說明】
[0019]圖1顯示為本發(fā)明的基于F0XC1與EN1共同高表達的高風險乳腺癌預后預測示意圖；
[0020]圖2顯示為公開可得的五套乳腺癌基因表達數(shù)據(jù)中F0XC1和EN1的表達水平分布圖；
[0021]圖3顯示為F0XC1和EN1共同高表達的五套乳腺癌株的存活分析曲線圖(A為 GSE1456, B 為 GSE11121，C 為 GSE12276, D 為 GSE20685, E 為 TCGA-BRCA-mRNA-Level3)。
【具體實施方式】
[0022]如圖1所示，本發(fā)明發(fā)明人通過檢測腫瘤樣株中FOXCl和ENl的表達水平，應用FOXCl與ENl共同高表達預測乳腺癌的預后，從而提供了 FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物(試劑盒)、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。
[0023]具體包括如下步驟:
[0024]步驟I，檢測腫瘤樣株中FOXCl和ENl的表達水平包括瘤株樣本的采集和FOXCl與ENl基因表達水平的測定。
[0025]步驟2，應用FOXCl與ENl共同高表達預測乳腺癌的預后將識別出FOXCl和ENl共同高表達瘤株，并進一步預測這類瘤株為高風險、預后差的類型。
[0026]以下通過特定的具體實例說明本發(fā)明的實施方式，本領(lǐng)域技術(shù)人員可由本說明書所揭露的內(nèi)容輕易地了解本發(fā)明的其他優(yōu)點與功效。本發(fā)明還可以通過另外不同的【具體實施方式】加以實施或應用，本說明書中的各項細節(jié)也可以基于不同觀點與應用，在沒有背離本發(fā)明的精神下進行各種修飾或改變。
[0027]在進一步描述本發(fā)明【具體實施方式】之前，應理解，本發(fā)明的保護范圍不局限于下述特定的具體實施方案；還應當理解，本發(fā)明實施例中使用的術(shù)語是為了描述特定的具體實施方案，而不是為了限制本發(fā)明的保護范圍；在本發(fā)明說明書和權(quán)利要求書中，除非文中另外明確指出，單數(shù)形式“一個”、“一”和“這個”包括復數(shù)形式。
[0028]當實施例給出數(shù)值范圍時，應理解，除非本發(fā)明另有說明，每個數(shù)值范圍的兩個端點以及兩個端點之間任何一個數(shù)值均可選用。除非另外定義，本發(fā)明中使用的所有技術(shù)和科學術(shù)語與本技術(shù)領(lǐng)域技術(shù)人員通常理解的意義相同。除實施例中使用的具體方法、設備、材料外，根據(jù)本技術(shù)領(lǐng)域的技術(shù)人員對現(xiàn)有技術(shù)的掌握及本發(fā)明的記載，還可以使用與本發(fā)明實施例中所述的方法、設備、材料相似或等同的現(xiàn)有技術(shù)的任何方法、設備和材料來實現(xiàn)本發(fā)明。
[0029]除非另外說明，本發(fā)明中所公開的實驗方法、檢測方法、制備方法均采用本技術(shù)領(lǐng)域常規(guī)的分子生物學、生物化學、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和分析、分析化學、細胞培養(yǎng)、重組DNA技術(shù)及相關(guān)領(lǐng)域的常規(guī)技術(shù)。這些技術(shù)在現(xiàn)有文獻中已有完善說明，具體可參見Sambrook等 MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL, Second edit1n, Cold Spring HarborLaboratory Press,1989 and Third edit1n,2001；Ausubel 等，CURRENT PROTOCOLSIN MOLECULAR B1LOGY, John ffiley&Sons, New York,1987 and per1dic updates ；the series METHODS IN ENZYM0L0GY, Academic Press, San Diego ；ffolffe, CHROMATINSTRUCTURE AND FUNCT1N, Third edit1n, Academic Press, San Diego,1998 ；METH0DSIN ENZYM0L0GY, Vol.304, Chromatin (P.M.ffassarman and A.P.ffolffe, eds.), AcademicPress, San Diego,1999 ；和 METHODS IN MOLECULAR B1LOGY, Vol.119，ChromatinProtocols (P.B.Becker, ed.) Humana Press, Totowa, 1999 等。
[0030]實施例
[0031 ] 實施例中所使用的乳腺癌樣株信息取自NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫和TCGA數(shù)據(jù)庫，并采用兩條標準對數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)篩選:1，瘤株樣本數(shù)大于200例；2，具備臨床信息特別是病人隨訪的存活時間數(shù)據(jù)，因此得到五套數(shù)據(jù)，具體如下:
[0032]1)SeriesAccess1n:GSE1456ID:200001456Samples(318)
[0033]2)SeriesAccess1n:GSE11121ID:200011121Samples(200)
[0034]3)SeriesAccess1n:GSE12276ID:200012276Samples(204)
[0035]4)SeriesAccess1n:GSE20685ID:200020685Samples (327)
[0036]5)TCGA-BRCA-mRNA-Level3Samples(1176)
[0037]數(shù)據(jù)處理:
[0038]提取每套基因表達數(shù)據(jù)中EN1和F0XC1的表達數(shù)據(jù)，取log2后的數(shù)值作為最終的表達水平，在統(tǒng)計學軟件R工作平臺(版本號:3.1.2)中調(diào)用聚類分析程序包mclust (版本號4.4)，將表達數(shù)據(jù)分為高表達和低表達的兩類；對每個基因的表達水平按照數(shù)值大小進行由小到大地排序，以低表達類的最大值和高表達類的最小值的平均值作為表達水平的區(qū)分標準。
[0039]相關(guān)五套乳腺癌基因表達數(shù)據(jù)中F0XC1和EN1的表達水平分布圖如圖2所示，其中，GE0數(shù)據(jù)庫來源的F0XC1和EN1基因表達水平檢測方法為微陣列法，TCGA數(shù)據(jù)庫來源的 F0XC1和EN1基因表達水平檢測方法為二代測序法。
[0040]對F0XC1和EN1的表達水平進行數(shù)據(jù)分布分析，識別出這兩個基因共同高表達的瘤株:EN1高表達組(右下角)，F(xiàn)0XC1高表達組(左上角)，EN1、F0XC1共同高表達組(右上角)，EN1、F0XC1共同低表達組(左下角)。
[0041]各套數(shù)據(jù)的分割標準分別如下:
[0042]GSE1456:EN1的分割界限為7.83, F0XC1的分割界限為7.46,其中EN1高表達組 10例，F(xiàn)0XC1高表達組13例，ENUF0XC1共同高表達組8例，ENUF0XC1共同低表達組303例。
[0043]GSE11121:EN1的分割界限為8.91，F(xiàn)0XC1的分割界限為8.71，其中EN1高表達組 15例，F(xiàn)0XC1高表達組18例，ENUF0XC1共同高表達組9例，ENUF0XC1共同低表達組176例。
[0044]GSE12276:EN1的分割界限為9.85, F0XC1的分割界限為9.81，其中EN1高表達組 45例，F(xiàn)0XC1高表達組53例，ENUF0XC1共同高表達組39例，ENUF0XC1共同低表達組245例。
[0045]GSE20685:EN1的分割界限為9.94, F0XC1的分割界限為9.95,其中EN1高表達組 29例，F(xiàn)0XC1高表達組36例，ENUF0XC1共同高表達組24例，ENUF0XC1共同低表達組286例。
[0046]TCGA-BRCA-mRNA-Level3:EN1 的分割界限為 8.37，F(xiàn)0XC1 的分割界限為 9.30,其中 EN1高表達組150例，F(xiàn)0XC1高表達組231例，ENUF0XC1共同高表達組128例，ENUF0XC1 共同低表達組923例。
[0047]不同樣株系列本身的基因表達量略有差異，且檢測方法略有不同，導致高表達和低表達分割界限的差異。
[0048]依據(jù)瘤株樣本的存活數(shù)據(jù)進行存活曲線分析，結(jié)果如圖3所示。其中，橫坐標表示的是瘤株樣本來源的病人存活時間，縱坐標表示的是瘤株樣本來源的病人乳腺癌復發(fā)幾率 (無轉(zhuǎn)移生存率)。由圖3中各圖可見，相對于F0XC1和EN1低表達組而言(向下箭頭所示)，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達表示乳腺癌樣株均具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預后(向上箭頭所示)。
[0049]綜上所述，本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測瘤株中FOXCl和ENl的表達水平，識別出FOXCl和ENl共同高表達的瘤株，并可進一步預測該類瘤株為高風險、預后差的類型。此外，經(jīng)公開可得的乳腺癌病人微陣列和二代測序的基因表達數(shù)據(jù)和存活數(shù)據(jù)證實，本發(fā)明能夠有效預測出高風險、預后差的瘤株，具有高度產(chǎn)業(yè)利用價值。
[0050]上述實施例僅例示性說明本發(fā)明的原理及其功效，而非用于限制本發(fā)明。任何熟悉此技術(shù)的人士皆可在不違背本發(fā)明的精神及范疇下，對上述實施例進行修飾或改變。因此，舉凡所屬技術(shù)領(lǐng)域中具有通常知識者在未脫離本發(fā)明所揭示的精神與技術(shù)思想下所完成的一切等效修飾或改變，仍應由本發(fā)明的權(quán)利要求所涵蓋。
【主權(quán)項】
1.FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。2.如權(quán)利要求1所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述診斷乳腺癌具體指對乳腺癌惡性程度的預測和/或?qū)θ橄侔╊A后的判斷。3.如權(quán)利要求2所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述乳腺癌惡性程度的預測具體指通過FOXCl和ENl表達量的檢測對乳腺癌樣株的惡性程度進行預測。4.如權(quán)利要求2所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述乳腺癌預后的判斷具體指通過FOXCl和ENl表達量的檢測對乳腺癌病人的病程和/或結(jié)局進行預后判斷。5.如權(quán)利要求3或4任一權(quán)利要求所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，F(xiàn)OXCl和ENl共同高表達表示乳腺癌樣株具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預后。
【文檔編號】G01N33/68GK105986009SQ201510047514
【公開日】2016年10月5日
【申請日】2015年1月29日
【發(fā)明人】常宏淵, 王鵬, 薛夢竹
【申請人】中國科學院上海高等研究院